Некоторые отличия игры Sonic 3 & Knuckles от предыдущих частей серии Sonic the Hedgehog:

• Объединение двух игр. 1 Sonic 3 & Knuckles включает в себя все уровни из Sonic the Hedgehog 3 и Sonic & Knuckles, а также все три разновидности уровня Bonus Stage. 1
• Возможность играть за трёх главных героев. 1 Для прохождения доступны Соник, Тейлз и Наклз. 12 Можно играть на уровнях Sonic 3 за Наклза, а за Тейлза — проходить уровни Sonic & Knuckles (как в одиночку, так и в команде с Соником). 12
• Нововведение — «Супер Изумруды». 1 Начиная с шести уровней Sonic 3, игрок может собрать семь обычных Изумрудов Хаоса. 1 Если он собрал их все, то, начиная с уровня Mushroom Hill (первый уровень Sonic & Knuckles), его персонаж получает доступ в зону Hidden Palace, где отдаёт собранные камни Главному Изумруду Хаоса. 1 Игровой персонаж теряет супер-форму, но при этом до конца игры получает возможность собрать семь Супер Изумрудов. 1
• Более сложные этапы. 3 Специальные этапы в зонах Sonic & Knuckles не такие простые, как в Sonic the Hedgehog 3. 3 Игроку часто приходится выполнять хитроумные трюки, чтобы выполнить их, например, совершить несколько прыжков и поворотов подряд. 3
• Новый вид сфер. 3 Помимо синей, красной и серо-красной сферы-бампера, был представлен новый вид: жёлтые сферы, которые действуют как пружины и перемещают персонажа на заданное расстояние по сцене (всего около пяти сфер). 3