Некоторые отличия геймплея LEGO Indiana Jones от оригинала:

• Упрощение сюжета. 1 LEGO Indiana Jones намеренно опускает нелицеприятные эпизоды из приключений профессора, например, предательство проводника Индианы. 1
• Уникальные умения персонажей. 1 У каждого героя есть свои способности: женские персонажи прыгают выше мужчин, кто-то носит с собой лопату и умеет выкапывать нужные детали, а сам Индиана виртуозно владеет кнутом. 1
• Головоломки. 2 Для разнообразия игрового процесса в LEGO Indiana Jones есть головоломки, например, персонажи с книгами могут открывать двери, нажимая на нужные плитки с нужными иероглифами. 2
• Возможность совместного прохождения. 3 LEGO Indiana Jones позволяет играть в кооперативе, что отличается от одиночного прохождения с компьютерным напарником. 34
• Система бонусов. 4 Разработчики почти насильно заставляют игроков устраивать повторные забеги по уровням, предоставляя систему бонусов. 4