Игра Sonic 3 & Knuckles оказала значительное влияние на последующие части серии Sonic, в частности на серию Sonic Adventure. 2

Некоторые аспекты влияния:

• Введение персонажа Наклза. 23 Ехидна, представленный в Sonic 3 & Knuckles, стал постоянным и заметным персонажем серии. 3 Он сыграл главного героя в нескольких спин-оффах, а также появился в фильмах «Ежик Соник 2» и «Ежик Соник 3». 3
• Расширение возможностей исследования. 2 Наклз мог летать, что давало игрокам возможность исследовать части уровней, которые нельзя было пройти Сонику. 2 В последующих играх, в частности в Sonic Adventure, эта свобода и возможность исследования были расширены. 2
• Переработка уровней. 3 Уровни из Sonic 3 & Knuckles были переделаны в более поздних играх серии. 3
• Влияние саундтрека. 3 Саундтреки игр, особенно тема Ice Cap Zone, стали одними из самых запоминающихся в истории игр. 3