Некоторые особенности игровой механики Alien Shooter, которые могут отличать её от других подобных шутеров:
- Кровавость. 2 После убийства врагов на локациях остаётся большое количество крови. 3 Цвет крови можно изменять с красного на зелёный или вообще отключить. 3
- Механика расчленения противника. 2 Тела врагов при убийстве не исчезают, из-за чего игровой уровень по мере прохождения преображается. 2
- Изменение образа монстров и их способностей. 3 В начале игры монстры представляют собой не столь серьёзную угрозу, но ближе к концу враги эволюционируют, умнеют, вооружаются всё более и более опасными видами вооружения. 3
- Взаимодействие с окружающим миром. 3 Несмотря на то, что игра представляет собой двумерную аркаду, игрок может двигать различные предметы, взрывать газовые баллоны и разбивать экраны мониторов. 3
- Ролевой элемент. 2 У главного героя есть четыре характеристики: здоровье, сила, скорость и точность. 2 Они зависят от выбора между женским и мужским персонажем в начале игры, а также от наличия «имплантатов». 2