Некоторые особенности игрового процесса, которые отличают Persona 3 от предыдущих игр серии:

• Более тёмная атмосфера. 8 Сюжет сосредоточен вокруг тем темноты и смерти. 8
• Сложная боевая система. 8 Игрок должен учитывать множество факторов, таких как сильные и слабые стороны врагов, а также специфику своих персонажей. 8
• Наличие механики «Dark Hour». 8 По сюжету в сутках присутствует дополнительный час, незаметный для обывателя. 1 На это время он превращается в гроб, но есть люди, способные в этот момент не спать, а бодрствовать и сражаться со странными сущностями — тенями. 1
• Жёсткий барьер между днём и вечером. 2 В отличие от других частей серии, в Persona 3 вечером можно провести время только с двумя персонажами, с которыми можно пообщаться и покачать социальную связь. 2

Кроме того, игровой процесс делится на два вида: школьная жизнь и вылазки в Тартар, место, где обитают Тени и скрыты загадки Тёмного Часа. 6