Некоторые особенности игрового процесса Empires & Puzzles, которые делают её уникальной стратегией в жанре пазлов:

• Механика строительства базы. 1 Игрок может улучшать крепость, строить сооружения для увеличения производства ресурсов, выковывать предметы, размещать рекрутов или войска для обучения новых героев. 1 Всё это увеличивает боевую мощь игрока при переходе с локации на локацию. 1
• Сражения с использованием мини-игры «Три в ряд». 3 Чтобы герой атаковал, нужно поставить три кристалла с одинаковым цветом в один ряд. 3 Можно как горизонтально, так и вертикально. 3 В зависимости от того, какого цвета кристаллы поставлены в ряд — такой герой и атакует цель. 3
• Сбалансированный состав команды. 4 По мере продвижения и участия в сложных сражениях становится важно иметь хорошо сбалансированный и синергетический состав команды. 4
• Случайное формирование игрового поля. 5 Игровая доска формируется абсолютно случайно и автоматически перетасовывается, когда на поле нет доступных комбинаций. 5
• Использование предметов. 2 Их можно использовать в любой момент хода, они не тратят ход, но при этом способны восстановить здоровье или усилить героев. 2