Некоторые механики и трюки, которые делают прохождение Super Mario 64 сложным:

• Частое использование прыжков. 1 Например, в испытании «A Button Challenge» игрок не должен использовать кнопку «А», которая отвечает за прыжок Марио. 1 Это делает игру практически невозможной, так как прыгать нужно достаточно часто. 1
• Необходимость освоить различные приёмы и способы передвижения в трёхмерном пространстве. 5 Например, Марио может прыгать взад и вперёд между двумя стенами, чтобы забраться на более высокую платформу. 3
• Решение головоломок. 5 Например, в игре есть задачи, для решения которых нужно выполнять определённые действия, например, собирать монеты или звёзды. 24

Также сложность прохождения может зависеть от индивидуальных предпочтений игрока и его уровня подготовки.