Некоторые изменения в геймплее S.T.A.L.K.E.R.: Clear Sky по сравнению с предыдущими играми серии:

• Апгрейд снаряжения. 1 Главный герой может улучшать оружие и броню у механиков, которые присутствуют на базе каждой группировки. 3
• Война группировок. 13 Даже без участия главного героя неигровые персонажи будут стремиться захватывать земли и отжимать важные точки. 1
• Поиск артефактов. 13 Артефакты теперь стали невидимыми, и для их обнаружения используется новый предмет — детектор нахождения аномальных образований. 3
• Система отрядов. 2 У неигровых персонажей есть командир отряда и несколько подчинённых ему людей. 2 При смерти командира его заменяет другой член отряда. 2
• Проводники. 2 Люди, которые за деньги могут довести до определённой локации. 2 У каждой группировки есть свои проводники, и каждый из них назначает свою цену за свои услуги. 2