Некоторые инновации, которые Blizzard ввела в игровой процесс StarCraft II по сравнению с оригинальной игрой:

• Выбор порядка выполнения миссий. 2 Обычно игроку предлагается две миссии на выбор, что создаёт разветвлённую сюжетную линию. 2
• Апгрейды армии. 2 Внутри космического корабля главного героя можно потратить деньги, заработанные на миссиях, на апгрейды для своей армии. 2 Многие апгрейды состоят из простых улучшений характеристик, но некоторые открывают новые способности для юнитов. 2
• Кинематографические сцены. 2 В StarCraft II появились полностью отрисованные катсцены, которые создают захватывающий сюжет. 24
• Переработанные классические боевые единицы. 1 Например, у зилотов появилась способность «Рывок», которая позволяет им быстро подойти поближе к врагу. 1 У крейсеров прибавилось два типа плазменных пушек: одни для стрельбы по воздушным объектам, другие — по наземным. 1