Первоначальная концепция концовки Mass Effect 3 заключалась в том, что у игрока был выбор между двумя вариантами: 25

1. Пожертвовать человечеством для спасения галактики. 5 Идеальный Жнец (протожнец) смог бы придумать технологию, заменяющую эффект массы, и остановить запущенный процесс воздействия тёмной материи на звёзды. 5
2. Уничтожить Жнецов. 45 Тогда живущие в галактике расы сами придумали бы новую технологию взамен эффекта массы. 5

По первоначальному сценарию Жнецы решали более глобальную проблему — прекращение старения звёзд из-за использования технологии эффекта массы на основе тёмной материи. 4

Также на раннем этапе разработки игры появились три разноцветные концовки: синяя, красная и зелёная. 1 В «красной» Шепард взрывал Цитадель, в «синей» брал под контроль всех Жнецов в галактике, а в «зелёной» богиня предлагала Шепарду использовать «космическую энергию и магию», чтобы объединить лучшее в каждом из них и отправить всё это в космос. 1