Вода в Minecraft может влиять на структуру подземных сооружений, например, позволять заполнять водой некубические блоки, такие как двери, лестницы и растения. 1 При этом и некубический блок, и блок источника воды занимают одно и то же пространство. 1 Если некубический блок уничтожить, то блок источника воды останется. 1
Также вода может использоваться для создания подземных пещер, которые будут заполнены водой. 5
Кроме того, в некоторых подводных сооружениях, таких как подводная крепость, генерируются мокрые губки, которые позволяют быстро осушать водоёмы, так как одна губка может впитать в себя несколько кубов воды. 2