Альянс из «Half-Life 2» связан с событиями и монстрами из первой части следующим образом:

После инцидента в Чёрной Мезе раса захватчиков, ранее поработившая мир Зен, узнала путь на Землю. 1 Она открыла портал, через который хлынула армия захватчиков. 1

Армию Альянса составляют порабощённые вортигонты из мира Зен, животные из этого мира, которые используются в качестве биологического оружия (хэдкрабы), кибернетические организмы (страйдеры, штурмовики) и существа, полученные путём скрещивания аборигенов завоёвываемого мира с ДНК захватчиков. 1 Таким образом были созданы Alien Grunt из Half-Life 1 (монстры, стреляющие мухами из лапы) и солдаты Альянса из второй части. 1

Например, во второй части игры Альянс использовал головокрабов — паразитов, которые попали из мира Ксен на Землю после катастрофы в Black Mesa. 2 Когда где-то люди начинали бунтовать, туда запускали ракеты с паразитами внутри. 2 Это позволяло быстрее подавлять сопротивление и наводить ужас. 2