Система сохранения игрового прогресса в Assassin's Creed Unity работает следующим образом:

• Автосохранения. 2 Они происходят всякий раз, когда игрок получает деньги, очки ассасинов, предметы и т. д.. 2 В правом верхнем углу экрана появляется значок сохранения. 2
• Принудительное сохранение. 2 Если нажать кнопку «Домой», а затем ещё раз, чтобы вернуться к игре, она будет сохранена. 2

В Windows сохранения игры хранятся в операционной системе в папке [savegames], находящейся в игровом клиенте Uplay. 4 В Linux — в папке [steamapps], расположенной в игровом клиенте STEAM Play Proton. 4

Также игра поддерживает облачную синхронизацию сохранений в Ubisoft Connect. 4