Система прогрессирования в Twilight Forest предполагает, что различные крепости с боссами и другие структуры открываются в определённом порядке. 1 Окончание текущего шага открывает следующий. 1

Некоторые особенности системы:

• Защита структур. 1 Основной метод прогрессирования — защита структур, которые не были разблокированы. 1 Блоки в таких местах становятся несокрушимы, сундуки закрываются, а монстры не получают урон. 1
• Защита биомов. 1 Помимо защиты структур, может быть защищена окружающая их территория. 1 Это влияет на погоду и климат в биоме. 1 Также на игрока могут накладываться различные негативные эффекты, например прямой урон или условия, мешающие находиться в защищённом биоме (слепота, горение и другие). 1
• Не все зоны включены в систему прогрессирования. 12 Садовые лабиринты, полые холмы, роща квеста и различные одиночные комнаты могут быть исследованы в любой момент, где бы они ни находились. 1

В начале путешествия многие биомы защищены от игрока различными негативными эффектами. 5 Чтобы снять ограничения, нужно победить босса из прошлого биома, который накладывает защитное проклятье. 5