Система комнат в The Binding of Isaac работает следующим образом: 1

1. Генерация уровня начинается с одной комнаты. 1
2. Затем создаётся соседняя — алгоритм случайно выбирает, с какой стороны она будет примыкать к изначальной. 1
3. Максимальное количество комнат в локации определяется разработчиком. 1
4. Если игра по какой-то причине не смогла собрать уровень, то вся генерация начинается заново. 1
5. У некоторых комнат есть условия генерации, например, тупиковые залы могут соседствовать только с одной клеткой. 1 Именно в таких «тупиках» находятся торговцы, предметы и боссы. 1 Единственное исключение — секретные залы, которые могут связать тупиковую комнату с каким-нибудь другим помещением. 1

Каждый этаж в The Binding of Isaac представляет собой набор комнат одинакового размера (13х7 блоков). 5 Комнаты генерируются случайным образом, поэтому за каждой следующей дверью могут оказаться какие угодно монстры, препятствия или бонусы. 5