Система хранения в Applied Energistics 2 основана на МЭ-дисководе. 2 Этот механизм должен быть подключён к МЭ-сети. 2 В слоты интерфейса в нём вставляются ячейки хранения — особые предметы, позволяющие хранить в себе огромное количество предметов. 2 Каждая ячейка может хранить до 63 типов вещей, по несколько стаков каждого. 2

Для доступа к функциям МЭ-сети используются МЭ-терминалы. 2 Обычный МЭ-терминал позволяет забирать и помещать вещи в МЭ-сеть. 2 Терминал создания позволяет всё то же самое, но ещё даёт возможность прямо в том же интерфейсе использовать стандартную сетку для крафта. 2

Для крафта нужно установить МЭ интерфейс вплотную к молекулярному сборщику, после чего с помощью терминала шаблонов записать рецепт на шаблон и поместить записанный шаблон в интерфейс, к которому подключён молекулярный сборщик. 1