Механика срабатывания способностей в Pixelmon основана на том, что каждый покемон может иметь одну основную и одну скрытую способность. 13

Способность определяется при появлении покемона и выбирается из пула из трёх возможных вариантов. 3 Если у покемона есть две возможные обычные способности, есть равный шанс, что любая из них будет назначена способностью при появлении. 2 Скрытые способности встречаются реже обычных: по умолчанию у дикого покемона есть 1/150 шанс наличия скрытой способности. 2

Способности могут передаваться через размножение. 2 Существует 80%-й шанс, что мать покемонов передаст свою способность, или 60%-й шанс для скрытых способностей. 2 В остальных 20% или 40% случаев способность выбирается случайным образом из обычных способностей покемона. 2

Для смены способностей покемона можно использовать предмет «Капсула способностей». 2