Чтобы играть в Comix Zone, нужно управлять персонажем по имени Скетч Тернер. 1 Он перемещается между панелями, которые представлены как сцены, и взаимодействует с ними, как если бы они были реальными объектами. 1

Основные команды для управления Скетчем:

• A — атака, кнопка действия, удар ногой в прыжке. 2
• B — прыжок, повиснуть на трубе, спрыгнуть вниз. 2
• C — блок. 2
• X — использовать предмет, находящийся в первом слоте. 2
• Y — использовать предмет, находящийся во втором слоте. 2
• Z — использовать предмет, находящийся в третьем слоте. 2

В игре также присутствуют элементы головоломок. 1 Игрок должен активировать переключатели или использовать предметы для продвижения по уровню. 1

Скетч может использовать фон комикса как оружие. 3 Если держать кнопку атаки, он начнёт разрывать фон (это уменьшает запас здоровья). 3 Из разорванного фона Скетч сделает бумажный самолёт и запустит его во врагов и объекты перед собой. 3