Биом «Тёмные глубины» (Deep Dark) в Minecraft влияет на игровой процесс несколькими способами:

• Создание атмосферы страха. 3 При разработке биома дизайнеры ориентировались на атмосферу лавкрафтовских хорроров. 3
• Опасность для игрока. 12 В «Тёмных глубинах» может появиться только один моб — Хранитель, который практически неуязвим, а его атаки пробивают даже сквозь блоки. 2 Хранитель появляется, если скалк-крикуны отреагируют на шум, издаваемый игроком возле скалк-сенсоров. 2
• Возможность получения опыта. 1 Скалк-блоки, которых много в «Тёмных глубинах», при разрушении дают опыт (кроме скалк-жилы). 1
• Наличие уникальных структур. 1 В «Тёмных глубинах» генерируется только одна структура — древний город, который представляет собой большой заброшенный город, наполненный сундуками. 12

Таким образом, биом «Тёмные глубины» добавляет в игровой процесс элементы опасности, связанные с неизведанностью и сильными мобами, а также предоставляет возможность для получения опыта при исследовании этой локации.