Альтернативные этажи в играх серии Binding of Isaac отличаются от обычных несколькими способами: 5

• Символ «A». 5 Открывает альтернативные этажи, которые похожи на обычные, но с изменёнными врагами и предметами. 5
• Символ «B». 5 Открывает альтернативные этажи, которые отличаются от обычных этажей по дизайну и атмосфере. 5
• Символ «C». 5 Открывает альтернативные этажи, которые представляют собой особые испытания с уникальными правилами. 5

Главная отличительная особенность альтернативных этажей — усиленные золотые комнаты. 2 В них на выбор всегда будет по 2 предмета: один видимый, другой не видимый. 2

Также на альтернативных этажах можно найти новых врагов, уникальные предметы и секреты. 5