Shadow the Hedgehog отличается от других игр серии Sonic the Hedgehog новыми элементами геймплея. 5 Например:

• Главный герой Шэдоу может использовать огнестрельное оружие. 34 Также в качестве оружия можно применять части декораций, например дорожные знаки. 1
• Введены новые транспортные средства, которыми Шэдоу может управлять — в частности, мотоциклы и инопланетный корабль. 5
• Важную роль играют Изумруды Хаоса. 15 Они помогают Шэдоу вспомнить прошлое и позволяют ему выполнить приёмы Chaos Control и Chaos Blast. 1

Кроме того, в игре есть идея заданий, взятая из Sonic Heroes: на уровнях воюют две фракции из мира Соника, и Шэдоу во время своих путешествий встречает представителей каждой стороны, которые просят ежа о помощи. 2 От выбора, кому помочь, зависит следующий уровень. 2