Возможно, имелись в виду различия между папками Mods и корневой в контексте установки модификаций в играх.

Корневая папка — это место, где установлена игра. 14 Чтобы найти её, можно нажать по ярлыку игры на рабочем столе правой кнопкой мыши и выбрать пункт «Расположение файла». 4

Папка Mods предназначена для установки модов и дополнительного контента. 13 Например, в игре S.T.A.L.K.E.R.: Shadow of Chernobyl папка Mods нужна для установки мультиплеерных карт. 5

Таким образом, основное отличие в том, что корневая папка — это место установки игры, а папка Mods — для модификаций и дополнительного контента.