Mega Man X Sigma может отличаться от других версий Mega Man X по следующим параметрам:

• Место появления в сюжете. 1 Сигма служит финальным боссом во всех играх, кроме Mega Man X: Command Mission и Mega Man X8. 1 В первой и во второй Сигма — предпоследний босс. 1

• Задумка персонажа. 2 Сигма был задуман как некогда положительный персонаж, подвергшийся «непредвиденной ошибке», которая привела его к абсолютному злу. 2

• Развитие игровой механики. 2 Mega Man X добавляет ряд новых функций и вносит радикальные изменения в оригинальную игровую механику предыдущих игр серии. 2 К ним относятся возможность совершать рывок по земле, взбираться по стенам и получать улучшения брони, дающие особые способности. 2