Команды replace и set в Minecraft отличаются по назначению.

Replace позволяет заменить определённые блоки в выбранном регионе на другие. 4 Например, можно заменить землю на светокамень. 1 Если указать только блок для замены, то он заменит все блоки. 4

Set используется, чтобы заполнить весь выделенный регион определённым блоком. 14 Например, команда //set 0 заполнит всё воздухом. 1

Таким образом, replace работает с заменой отдельных блоков, а set — с заполнением региона определёнными блоками.