Боевая система Pixelmon отличается от стандартной боевой механики Pokémon тем, что она максимально приближена к механикам оригинальных игр. 1 В ней учтены движения, способности, скрытые способности, характеры, EVs и IVs. 1

Некоторые другие особенности боевой системы Pixelmon:

• Покемоны-боссы разных категорий. 1 Они появляются в мире в виде усиленных покемонов, которых нельзя поймать, и мегаэволюционировавших диких покемонов, которые всегда на несколько уровней выше покемонов игрока. 1
• Логова с терарейдами. 1 В них появляются логова с рейдами, при победе в которых можно получить особые предметы. 1 В отличие от оригинальной идеи в Pokémon Scarlet и Violet, рейд-логова не пропадают после битвы. 1
• Влияние погоды на поле боя. 4 На него оказывают воздействие разные виды погод, например, во время дождя атаки водного типа наносят на 50% больше урона, а огненного — на 50% меньше. 4