Assassin's Creed: Shadows отличается от других частей серии следующими особенностями:

• Открытый мир. 1 Охватывает центральный регион Японии, в том числе провинции Ига, Арима и Оми. 1 Локации максимально приближены к их реальному масштабу. 1

• Нелинейная кампания. 1 Ориентирована на отслеживание и устранение целей в любом порядке. 1

• Два главных героя. 13 Наоэ больше адаптирована под скрытое прохождение, а Ясукэ силён во время открытого боя. 1 У каждого из них своё дерево навыков и снаряжение. 1

• Динамическая смена погоды и времён года. 12 Сезоны не просто косметическая смена декораций, а по-настоящему влияют на игровой процесс. 2

• Полноценная физика объектов и разрушаемое окружение. 2 Впервые в серии можно будет буквально пробить стену. 2

• Развитие ролевой системы. 1 Игрок может создать шпионскую сеть с агентами и отправлять их на миссии по сбору информации о целях. 1