Да, организация имеет право удерживать НДФЛ в размере 13% со стипендии, которая фиксированная и прописана в целевом договоре. 6

Стипендии, выплачиваемые по дополнительным программам обучения, не входят в перечень доходов, освобождённых от налогообложения, и подлежат обложению НДФЛ в установленном порядке. 69

Однако есть исключения: стипендии, выплачиваемые образовательным учреждением своим студентам, не облагаются налогом на доходы физических лиц независимо от источника финансирования. 5 Это предусмотрено пунктом 11 статьи 217 НК РФ. 5

При этом стипендии, выплачиваемые организацией по ученическим договорам своим работникам или лицам, которых планируется нанять, облагаются НДФЛ в общем порядке. 28