Да, организация имеет право удерживать НДФЛ в размере 13% со стипендии, которая фиксированная и прописана в целевом договоре. {6-host}
Стипендии, выплачиваемые по дополнительным программам обучения, не входят в перечень доходов, освобождённых от налогообложения, и подлежат обложению НДФЛ в установленном порядке. {6-host} {9-host}
Однако есть исключения: стипендии, выплачиваемые образовательным учреждением своим студентам, не облагаются налогом на доходы физических лиц независимо от источника финансирования. www.nalog.gov.ru Это предусмотрено пунктом 11 статьи 217 НК РФ. www.nalog.gov.ru
При этом стипендии, выплачиваемые организацией по ученическим договорам своим работникам или лицам, которых планируется нанять, облагаются НДФЛ в общем порядке. www.audit-it.ru {8-host}