Нет, в трудовом договоре не обязательно указывать, что заработная плата уже указана с вычетом НДФЛ. 15

В трудовом договоре работодатель отражает те суммы, которые подлежат начислению работнику. 1 При этом НДФЛ работодатель удерживает самостоятельно из начисленных сумм и перечисляет в бюджет. 1

Однако можно указать в договоре, что заработная плата выплачивается уже после уплаты всех обязательных налогов и сборов. 3