Целевое финансирование может осуществляться за счёт различных источников, среди них:

• Бюджетные ассигнования. 1 Например, субсидии бюджетным организациям или лимиты бюджетных обязательств, доведённые до казённых учреждений. 4
• Гранты. 14 Денежные средства или иное имущество предоставляются на безвозмездной и безвозвратной основе на осуществление программ в области образования, искусства, культуры, науки, физической культуры, охраны здоровья и окружающей среды. 1
• Инвестиции. 1 Они предоставляются по итогам инвестиционных конкурсов. 1
• Средства из фондов поддержки научной и инновационной деятельности. 1
• Пожертвования. 24 Их могут делать граждане и компании. 2

Также к источникам целевого финансирования относят взносы учредителей, имущество и имущественные права, которые переходят организации по завещанию в порядке наследования. 4