Помимо банка «Россия», Юрий Ковальчук участвовал в следующих компаниях и проектах:

• Ассоциация совместных предприятий Санкт-Петербурга. 12 В 1991 году Ковальчук занял вторую по значимости руководящую должность в этой ассоциации. 1
• «Полупроводниковые приборы». 14 Вместе с Фурсенко и Якуниным Ковальчук основал акционерное общество, которое занималось производством лазеров, используемых в медицине. 14
• «Корпорация „СТРИМ“». 2 В начале 1990-х Ковальчук стал одним из учредителей этого предприятия, деятельность которого связывали с продажей за рубеж стратегического сырья. 2
• «Центр стратегических разработок „Северо-Запад“». 12 В 2000 году Ковальчук занял должность председателя правления этого общественного фонда, который занимался социально-экономическим консультированием сначала в рамках макрорегиона, а затем и по всей России. 2
• «Международная школа менеджмента». 25 С 2002 по 2003 год Ковальчук занимал пост члена правления некоммерческого партнёрства, а с 2003 по 2006 год был его сопредседателем. 25
• «Национальная Медиа Группа». 12 В 2008 году при участии Ковальчука была создана эта медиа-группа, куда вошли «Пятый канал», РЕН ТВ, «Первый канал», «Известия» и другие СМИ. 1
• Возрождение праздника выпускников «Алые паруса». 1 В 2005 году Ковальчук и спикер Совета Федерации Валентина Матвиенко решили возродить этот праздник для молодёжи. 1
• Проект по созданию первого в России театра-кабаре в Таврическом саду. 1 В 2013 году бизнесмен с партнёрами разработал этот проект, планировалось, что театр разместится в здании бывшего кинотеатра «Ленинград». 1
• Ассоциация «Поддержка региональной экономической среды». 1 В 2020 году супруги Ковальчуки учредили в Санкт-Петербурге эту ассоциацию, которая занимается консультированием по вопросам коммерческой деятельности и управления. 1