Основные различия между автономными и бюджетными учреждениями:

• Экономическая свобода. 3 Автономные учреждения вправе привлекать заёмные средства, открывать счета в кредитных организациях, самостоятельно распоряжаться отдельными видами имущества, что невозможно в отношении бюджетных учреждений. 3
• Согласование действий с государственным или муниципальным органом. 4 В отличие от бюджетных учреждений, автономные не должны согласовывать свои действия с государственным или муниципальным органом. 4
• Ответственность по обязательствам. 3 Автономное учреждение отвечает по своим обязательствам имуществом, находящимся у него на праве оперативного управления, за исключением недвижимого имущества и особо ценного движимого имущества, закреплённых за ним учредителем. 1
• Закупочная деятельность. 2 Бюджетные учреждения — это основной вид заказчиков, которые обязаны руководствоваться в своей закупочной деятельности нормами ФЗ №44. 2 Автономные учреждения в своей закупочной деятельности руководствуются в основном положениями ФЗ №223 и осуществляют закупки согласно положениям ФЗ №44 в случаях, определённых ст. 15 названного закона. 2