Ключевые отличия между территориальными и специализированными налоговыми органами заключаются в их функциях и области контроля:

1. Территориальные налоговые органы непосредственно работают с налогоплательщиками и обеспечивают учёт, правильность исчисления налогов и сборов, поступление денежных средств в бюджеты всех уровней и внебюджетные фонды, контроль за своевременностью предоставления бухгалтерских отчётов и деклараций. 3 Такие инспекции есть практически во всех городах и районах. 1
2. Специализированные налоговые органы контролируют определённый вид налогоплательщиков. 1 Например, в Москве есть межрайонные инспекции по контролю за иностранными организациями и за строительной сферой, а во многих регионах — по контролю за крупными налогоплательщиками. 1

Таким образом, территориальные органы занимаются общей работой с налогоплательщиками на определённой территории, а специализированные — контролем за определённым видом деятельности или субъектов. 12