В чем заключаются ключевые отличия между государственной программой и муниципальным заданием?

Возможно, имелись в виду понятия «государственное задание» и «муниципальное задание».

Государственное (муниципальное) задание — это документ, который устанавливает требования к составу, качеству и (или) объёму (содержанию), условиям, порядку и результатам оказания государственных (муниципальных) услуг (выполнения работ). www.audit-it.ru

Некоторые особенности государственных и муниципальных заданий:

• Цель — найти поставщика государственных или муниципальных услуг, который бы уложился в выделяемые в бюджете деньги и выполнил бы услугу качественно, в соответствии с установленными стандартами. npgit.ru
• Объём задания может быть переменной величиной и зависит не от исторически сложившихся объёмов сметного финансирования, а от планируемых результатов деятельности учреждений, качества оказываемых ими услуг (выполнения работ) и иных факторов по решению учредителя. normativ.kontur.ru
• Порядок формирования определяется разными органами в зависимости от уровня: для федеральных бюджетных учреждений — Правительством РФ, для бюджетных учреждений субъекта РФ — высшим исполнительным органом государственной власти субъекта РФ, для муниципальных бюджетных учреждений — местной администрацией муниципального образования. www.audit-it.ru www.consultant.ru