Особенность финансового обеспечения автономных учреждений заключается в том, что оно осуществляется в виде субсидий из соответствующего бюджета бюджетной системы Российской Федерации и иных не запрещённых федеральными законами источников. 14

Субсидии выделяются на возмещение нормативных затрат на оказание услуг физическим и (или) юридическим лицам, на содержание недвижимого и особо ценного движимого имущества, а также на уплату налогов. 2

Ещё одна особенность — не использованные остатки бюджетных средств на счетах автономных учреждений полностью остаются в их распоряжении. 3

Кроме того, вся деятельность вне государственного (муниципального) задания финансируется за счёт доходов автономного учреждения от коммерческой деятельности (платные работы и услуги). 3

Для получения субсидии и субвенции из бюджета автономному учреждению необходимо заключить договоры (соглашения) с учредителем. 2