Критика неоклассической экономической теории со стороны институционализма заключается в следующем:

• Критика идеи равновесия. 2 По мнению институционалистов, неоклассический экономический анализ излишне переоценивает значимость идеи равновесия, так как на рынке не всегда может достигаться равновесие. 2
• Критика рациональности. 2 Она основана на ограниченности возможностей обычного человека: все производимые им вычисления не могут быть мгновенны и точны, что является ложным утверждением и не может выступать в роли предпосылки экономической теории. 2
• Критика принципов методологического индивидуализма. 2 Принцип методологического индивидуализма отрицается конкретными историческими фактами и доказательствами: на протяжении истории человечества большинство людей часто проявляли заботу не только о собственных интересах, но и о процветании своей общины, города, благосостоянии своего лидера. 2
• Критика предпосылки о двух измерениях товара. 2 По мнению институционалистов, существует ещё одно — третье измерение товара, связанное с его качеством. 2

Кроме того, сторонники институционализма критикуют неоклассическую теорию фирм, считая, что в ней недостаточно внимания уделяется внутренней организации фирмы, её иерархической структуре, принятию решений и т. д.. 5