Некоторые преимущества экономической эффективности аквапонических систем по сравнению с традиционными:

• Возможность получать два вида продукции (рыбу и овощи) с одного и того же участка земли. 2 Это повышает общую доходность хозяйства. 2
• Экономия ресурсов. 1 Растения получают необходимые питательные вещества из отходов жизнедеятельности рыбы, и им не требуется дополнительное удобрение. 1 Вода, использованная в рыбоводстве, многократно циркулирует в системе, что значительно снижает её потребление. 2
• Экономия на покупке корма для животных. 3 Если выращенные растения или часть их скармливается рыбам, аквапоника даёт возможность сэкономить на покупке корма. 3
• Естественное регулирование температуры. 1 Бассейны, включенные в систему, играют роль естественного теплового регулятора: в холодное время они высвобождают тепло, накопленное в течение дня, что способствует повышению температуры в теплице и обеспечивает защиту растений от низких температур. 1

При этом аквапоническая ферма требует значительных первоначальных вложений. 2 Основные затраты включают строительство рыбных бассейнов, установку гидропонных систем для растений, фильтрационных систем для воды и автоматизации процесса. 2 Однако, несмотря на высокие стартовые вложения, окупаемость системы может быть достигнута в течение 3–5 лет за счёт значительной экономии на ресурсах и повышенной доходности от производства двух видов продукции. 2