Разница между возмещением и зачётом НДС заключается в том, что первое касается законно уплаченного налога, а второе — неправомерно уплаченного. 1

Возмещение НДС — это возврат начисленных и фактически перечисленных сумм по налоговым обязательствам. 2 Право на возмещение возникает, например, если сумма налоговых вычетов превышает общую сумму налога. 5 Чаще всего такое случается при совершении экспортных или импортных операций, если в течение квартала объёмы реализованных товаров (работ, услуг) ниже объёмов приобретённых товаров (работ, услуг) или если организация строит для себя офис или иное здание. 5

Зачёт НДС — это операция, связанная с погашением задолженности налогоплательщика по уплате пени, недоимки и т. д.. 1 Если есть долги по НДС и штрафные санкции по этому виду налога, ИФНС обязана направить всю сумму возмещения на зачёт задолженности. 2 Оставшаяся сумма возмещения может быть возвращена на счёт или учтена для будущих налоговых обязательств. 2

Таким образом, возмещение НДС связано с возвратом законно уплаченного налога, а зачёт НДС — с погашением задолженности налогоплательщика.