Разница между нарастающим итогом и месячным расчётом стандартных вычетов заключается в том, как анализируются вычеты и доходы: 12

1. Нарастающим итогом. 12 При создании документа по начислению зарплаты проверяются вычеты и доходы с начала года. 2 Если в каком-то периоде вычета не было или он был использован не в полном объёме, в следующих периодах он будет применён. 2
2. В пределах месячного дохода. 12 Вычет применяется только к доходу за месяц. 2 Если нет дохода, нет и вычета. 1

Организация самостоятельно выбирает правило применения и указывает его в настройке налогов. 2 Например, в программе «1С:Бухгалтерия» это можно сделать в разделе «Настройка» — «Реквизиты организации» — «Учётная политика» и другие настройки — «Учётная политика». 1