Разница между налоговой и таможенной службами в России заключается в их функциях и задачах:

1. Федеральная налоговая служба (ФНС) осуществляет экономический контроль в России. 1 Её задачи включают контроль и надзор за соблюдением законодательства в сфере налогов и сборов, за уплатой налоговых платежей, за применением кассовой техники, а также регистрацию юридических и физических лиц, индивидуальных предпринимателей и самозанятых. 13
2. Федеральная таможенная служба (ФТС) осуществляет надзор и контроль в сфере таможенного дела. 1 Её функции включают проведение таможенного контроля, взимание пошлин и налогов, ведение статистики в сфере ВЭД, защиту прав объектов интеллектуальной собственности, обеспечение порядка перемещения товаров через границу, выявление и пресечение правонарушений, валютный контроль. 1

Несмотря на это, налоговая и таможенная службы взаимодействуют и сотрудничают. 10 Основой такого взаимодействия являются применение современных информационных технологий, обмен данными, сопряжение систем управления рисками, координация действий по категорированию объектов предпринимательской деятельности, внедрение механизмов прослеживаемости товаров и сквозного контроля, а также совместные и скоординированные проверочные мероприятия. 10