В чем разница между начислением НДФЛ в конце месяца и по дате выплаты дохода?

Возможно, имелись в виду правила начисления НДФЛ с доходов в виде оплаты труда и для других видов доходов.

Для доходов в виде оплаты труда (согласно п. 2 ст. 223 НК РФ) датой фактического получения дохода и начисления НДФЛ считается последний день месяца, за который был начислен доход. taxcom.ru base.garant.ru

Для других видов доходов (по п. 1 ст. 223 НК РФ) датой получения дохода и расчётом НДФЛ считается день его выплаты. www.buhgalteria.ru

Таким образом, разница заключается в том, что для доходов в виде оплаты труда применяется правило начисления НДФЛ в конце месяца, а для остальных видов доходов — по дате выплаты.