Разница между межрегиональными и внутрирегиональными электронными платежами заключается в уровне расчётов:

• Внутрирегиональные электронные расчёты (ВЭР) — это совокупность отношений между подразделениями расчётной сети Банка России, а также между кредитными организациями и другими клиентами Банка России, находящимися на территории одной области (республики, края). 4 Расчёты осуществляются в режиме реального времени на территориях областей, республик, краёв и автономных округов. 1
• Межрегиональные электронные расчёты (МЭР) — это отношения между подразделениями расчётной сети Банка России, кредитными организациями и другими клиентами Банка России, находящимися на территории различных субъектов РФ. 4

Обычно сроки прохождения межрегиональных и внутрирегиональных платежей отличаются: во втором случае они значительно короче. 5 Например, внутрирегиональные электронные платежи должны выполняться «день в день». 45