Разница между методами учёта по количеству и сумме в 1С:Бухгалтерии заключается в том, как определяется стоимость запасов: 12

1. Учёт по количеству. 1 Позволяет контролировать наличие запасов на разных складах в количественном выражении, а стоимость единицы запаса определяется как средняя стоимость по всем складам (путем деления общей стоимости номенклатурной позиции на всех складах на общее количество). 1
2. Учёт по количеству и сумме. 1 Позволяет вести не только количественный, но и суммовой складской учёт. 1 В этом случае количество и стоимость запасов определяется в разрезе каждого склада, а цена списания запасов рассчитывается отдельно по каждому складу. 1

Таким образом, при учёте по количеству стоимость единицы запаса определяется в целом по всем складам, а при учёте по количеству и сумме — по каждому складу отдельно. 12