В чём разница между махинацией и аферой?

Разница между махинацией и аферой заключается в следующем:

1. Махинация — совокупность действий, направленных на получение выгоды нечестным способом. kartaslov.ru ru.ruwiki.ru Обычно это несколько действий, а не единичное действие (уловка, проделка). otvet.mail.ru Также махинация означает тихую операцию (без лишних свидетелей, в узком кругу махинаторов). otvet.mail.ru
2. Афера — рискованное и недобросовестное дело, предприятие с целью наживы. kartaslov.ru Это сомнительная сделка, неблаговидное предприятие, обман с целью наживы; мошенничество. dic.academic.ru

Таким образом, махинация описывает конкретные действия, а афера — общее понятие о сомнительном и неблаговидном предприятии с целью личной наживы.