Разница между государственным автономным и бюджетным учреждением заключается в их характеристиках и особенностях деятельности:

1. Автономное учреждение — некоммерческая организация, созданная РФ, субъектом РФ или муниципальным образованием для выполнения работ, оказания услуг в сферах науки, образования, здравоохранения, культуры, средств массовой информации, социальной защиты, занятости населения, физической культуры и спорта. 15 В отличие от бюджетных учреждений, автономные могут сами зарабатывать, тратить и отвечать по своим долгам, не согласовывая действия с государственным или муниципальным органом. 7 При каждом из них создан наблюдательный совет, который даёт разрешение на крупные сделки и сделки с недвижимостью. 7

2. Бюджетное учреждение — некоммерческая организация, созданная РФ, субъектом РФ или муниципальным образованием для выполнения работ, оказания услуг в целях обеспечения реализации полномочий органов госвласти или органов местного самоуправления в сферах науки, образования, здравоохранения, культуры, социальной защиты, занятости населения, физической культуры и спорта, а также в иных сферах. 16 Бюджетным учреждениям могут выдавать государственное задание и выделять субсидии на его выполнение. 7 Учреждения сами решают, на что потратить деньги субсидии, главное, чтобы эти траты помогали им достигать цели, ради которой они созданы. 7