Разница между государственной и таможенной пошлинами заключается в их функциях и сферах применения.

Государственная пошлина — сбор, который взимается с определённых лиц при их обращении в государственные органы, органы местного самоуправления и другие структуры. 2 Например, её платят при обращении в суд, за совершение нотариальных действий, за государственную регистрацию актов гражданского состояния и т. д.. 2 Государственная пошлина установлена Налоговым кодексом РФ и включена в систему налогов и сборов. 2

Таможенная пошлина — обязательный платёж, который взимают таможенные органы в связи с перемещением товаров через таможенную границу. 14 Уплата таможенной пошлины — условие ввоза или вывоза товара, она обеспечивается мерами государственного принуждения. 1 Таможенные пошлины используются для регулирования внешней торговли, их цель — защита внутреннего рынка и стимулирование прогрессивных структурных изменений в экономике. 23

Таким образом, государственная пошлина связана с внутренними процессами государства, а таможенная — с внешнеэкономической деятельностью.