Разница между единым казначейским счётом и казначейским счётом для автономных учреждений заключается в их назначении и использовании:

1. Единый казначейский счёт (ЕКС) — это лицевой счёт, который открывается для коммерческой организации (юридического лица, например ООО) или ИП (индивидуального предпринимателя) с целью реализации государственных и муниципальных контрактов. 5 Через него проходят операции по документам-основаниям: государственным контрактам, соглашениям, договорам. 5 Для каждого документа-основания открывается собственный раздел лицевого счёта. 5

2. Казначейский счёт для автономных учреждений — это счёт, который открывается в Федеральном казначействе отдельному участнику системы казначейских платежей для того, чтобы он мог осуществлять и отражать хозяйственные операции, связанные с денежными средствами автономных учреждений. 6