Разница между бумажной и электронной подачей уведомлений по НДФЛ заключается в способе подачи документа. 12

Бумажное уведомление можно принести в отделение ФНС лично, передать через своего представителя или отправить почтой. 1 Компании и ИП имеют право подать бумажное уведомление только в том случае, если они одновременно соответствуют двум условиям: не относятся к крупнейшим налогоплательщикам и среднесписочная численность их сотрудников за прошлый год и в текущем году не превысила 100 человек. 1

Электронное уведомление можно подать через личный кабинет налогоплательщика или с помощью специальной программы для сдачи отчётности. 1 Для отправки в электронном виде организациям нужна УКЭП, а ИП она нужна только если они отправляют уведомление через операторов ЭДО. 6

Таким образом, основное различие в том, что бумажное уведомление предоставляется в определённых случаях, а электронное — через специальные сервисы и с использованием электронной подписи.