Различие между бюджетными и автономными учреждениями при работе с КПС (классификационным признаком счёта) заключается в некоторых особенностях заполнения: 34

• Для бюджетных учреждений в 1–4 разрядах номера счёта указывается аналитический код вида функции, услуги (работы) учреждения, соответствующий коду раздела, подраздела классификации расходов бюджетов. 4
• Для автономных учреждений в 1–4 разрядах номера счёта также указывается аналитический код вида функции, услуги (работы) учреждения, соответствующий коду раздела, подраздела классификации расходов бюджетов. 4
• В 5–14 разрядах номера счёта отражаются нули, если иное не предусмотрено учётной политикой учреждения либо не является требованиями, установленными участием в национальных проектах. 4
• В 15–17 разрядах номера счёта указывается аналитический код вида поступлений от доходов или выбытий по расходам, аналитической группе вида источников финансирования дефицитов бюджетов. 4

Кроме того, в целях управленческого учёта или требований учредителя автономное учреждение может применять как коды бюджетной классификации, так и произвольные коды. 1 Основное условие — коды должны быть 17-разрядными, незначащие позиции должны быть заполнены нулями. 1