Да, при налоговых режимах ИП и УСН платят торговый налог. 12

Торговый сбор установлен с 1 июля 2015 года для лиц, занятых торговлей, и введён только в Москве. 2 УСН от уплаты сбора не освобождает, поэтому при розничной торговле на территории Москвы платить его придётся. 2

При этом сумму уплаченного торгового сбора можно учесть в расходах при УСН «доходы минус расходы» или в вычетах, уменьшающих сумму УСН-налога при УСН «доходы». 1

Также при наличии постановки на учёт в качестве плательщика сбора на его сумму, уплаченную в течение отчётного периода, можно уменьшить упрощённый налог, начисленный за этот же период (п. 8 ст. 346.21 НК РФ). 2