Стоимость малых гидроэлектростанций (МГЭС) может быть ниже, чем у крупных ГЭС, по нескольким причинам:

• Меньшие объёмы строительных материалов. 2 Для возведения МГЭС не нужна дорогостоящая грузоподъёмная техника. 2
• Возможность восстановления старых ГЭС. 25 Можно сэкономить на строительстве новых станций, если восстановить ранее действовавшие ГЭС. 2
• Автоматизация. 15 Станции, разработанные с учётом современных технологий, отличаются простотой в управлении и могут работать без постоянного обслуживающего персонала. 15
• Отсутствие больших водохранилищ. 15 Не требуется организация больших водохранилищ и изъятие значительных земельных массивов, что снижает связанные с этим затраты. 15

Однако есть и исключения: цена сооружения МГЭС в пересчёте на 1 кВт мощности обычно выше, чем у обычных ГЭС. 1 Кроме того, удалённость створов малой ГЭС от ЛЭП может значительно увеличить стоимость подключения к энергосистеме и быть сопоставима со стоимостью самой МГЭС. 1